میرزای نائینی در نهایت ورع و تقوی و احتیاط، همراه با صفای باطن و خوشرویی و مهربانی و فروتنی و پرهیز از غرور و خودبینی بوده اند. ایشان تکلیف بان و وظیفه مدار بودند و در انجام وظیفه شرعی لحظه ای درنگ نمی نمودند.

با بزرگان وادی سیر و سلوک همانند اخوند ملا فتحعلی سلطان آبادی در سامرا و آخوند ملا حسین قلی همدانی و سید احمد کربلایی در نجف و پیش از آنها با بزرگان این رشته در اصفهان معاشرت و مراودت تنگاتنگی داشته اند و در این مجالس هر آنچه که باید از محضر آن بزرگان استفاده کنند، استفاده کرده اند.

البته از مقامات معنوی استاد بزرگوارشان میرزای شیرازی بزرگ کمال استفاده را کرده بودند و پیوسته در ایام حیاتشان از عظمت روحی و معنوی این استاد یاد می کردند. 

• برخی از خصلتهای پسندیده میرزای نائینی

ایشان همانگونه که سعی داشتند شاگردان به مراتب عالی علمی برسند در زمینه تربیت و تهذیب آنان هم اهتمام جدی داشتند، و از سفارش به افراد به ویژه شاگردان در امور تربیتی و اخلاقی و رفتاری فروگذار نبودند، اگر موردی مشاهده می کردند برخورد و صریحاً گوشزد می نمودند و با کسی تعارف نداشتند.

در محضر ایشان جلوه های ادب و احترام و متانت بین حضّار و حفظ مراتب فضلاء مشهود بوده، و هیبت و وقار ایشان بر فضای مجلس حاکم بود، پیوسته شاگردان را به یادداشت درسها سفارش می نمودند، و خواندن نماز شب را برای طالب علم، لازم و در توفیق به علم و عمل مؤثر می دانستند.